A característica principal da estrutura da USE SP é a descentralização das atividades, através de unidades conhecidas como órgãos, com Diretoria eleita a cada três anos e atuação através de planejamento, envolvendo todas as suas áreas, com ampla divulgação para participação dos interessados.
As Casas Espíritas, através de suas lideranças e representantes (trabalhadores atuantes nas sociedades), se reúnem (por proximidade geográfica) em órgãos chamados Distritais, Municipais ou Intermunicipais. Estes são os órgãos locais.
Para cada conjunto de no mínimo 3 órgãos locais, também por proximidade geográfica, constituem-se os órgãos regionais, que são em número de 24 (vinte e quatro) no estado, com os representantes dos órgãos locais.
De representantes dos órgãos locais, forma-se o CA – Conselho de Administração, enquanto que os representantes dos órgãos locais constituem o CDE – Conselho Deliberativo Estadual. A DE – Diretoria Executiva da USE São Paulo é eleita pela Assembleia Geral Ordinária, sendo seus diretores representantes dos órgãos locais e, juntos, trabalham pela Doutrina Espírita em todo o estado de São Paulo.