A essência da estrutura da USE SP é a descentralização das atividades, realizada por meio de unidades denominadas órgãos. Esses órgãos possuem Diretorias eleitas a cada três anos, operando por meio de planejamento abrangente que engloba todas as áreas de atuação, com ampla divulgação para incentivar a participação dos interessados.
As Casas Espíritas, por meio de suas lideranças e representantes (trabalhadores atuantes nas instituições), agrupam-se por proximidade geográfica em órgãos denominados Distritais, Municipais ou Intermunicipais, formando assim os órgãos locais.
A nível regional, cada conjunto de pelo menos três órgãos locais, também agrupados por proximidade geográfica, constitui um órgão regional. O estado conta com 21 órgãos regionais, com seus representantes dos órgãos locais.
A composição do CA – Conselho de Administração é formada pelos representantes dos órgãos Regionais, que deliberam sobre o direcionamento administrativo, enquanto os representantes dos órgãos locais constituem o CDE – Conselho Deliberativo Estadual, deliberam sobre o direcionamento doutrinário da USE. A DE – Diretoria Executiva da USE São Paulo é eleita pela Assembleia Geral Ordinária, sendo seus diretores representantes dos órgãos locais. Juntos, trabalham incansavelmente pela promoção e difusão da Doutrina Espírita em todo o estado de São Paulo.